Enquête interne en entreprise : tout ce que vous devez savoir

Enquête interne en entreprise :
tout ce que vous devez savoir

Rédigé le 18/07/2025
par Marisa Fischer

5 min

Sommaire

Comprendre l’enquête interne : définition, objectifs et enjeux

L’enquête interne dans une entreprise s’inscrit dans chaque procédure d’alerte en prévention des risques, et notamment sur le harcèlement au travail. Un salarié peut signaler une situation de harcèlement ou toute autre violation du droit interne ou externe. La direction peut donc mettre en place une enquête interne afin de comprendre les tenants et aboutissants de la situation.

Qu’est-ce qu’une enquête interne ?

L’enquête interne, mise en œuvre au sein d’une entreprise, est une démarche visant à objectiver des faits potentiellement graves. Ils peuvent concerner du harcèlement moral, harcèlement sexuel, de la discrimination ou un manquement au droit du travail. Généralement, l’enquête interne se déclenche après le signalement d’un salarié. Cela peut être dans le cadre d’un dispositif d’alerte interne ou lorsqu’un dysfonctionnement est constaté par un tiers.

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Attention, il ne s’agit pas d’une procédure judiciaire ni d’un audit interne (plus en lien avec un aspect financier ou réglementaire). Une enquête interne dans une entreprise répond à trois objectifs : préventif, curatif et protecteur. Elle s’inscrit dans le cadre du droit du travail et reste à l’initiative de l’employeur. Ce dispositif permet d’établir des faits objectivables et analysables.

Le principal facteur clé de succès est la confidentialité de l’enquête interne. L’entreprise sélectionne un enquêteur, celui-ci peut être interne ou externe. Le cadre d’intervention doit garantir la neutralité du processus, le respect des droits de chacun et la protection des données. Chaque enquête interne doit respecter une méthodologie stricte et rigoureuse.

Objectifs de l’enquête interne

L’enquête interne permet avant tout de protéger l’entreprise, les salariés tout en respectant le cadre réglementaire du droit du travail. En cas d’alerte, qu’il s’agisse d’un signalement lié à du harcèlement présumé, un comportement inapproprié ou une fraude : l’enquête interne permet de répondre aux interrogations de manière factuelle, impartiale et structurée.

Nous allons voir ensemble les différents objectifs secondaires auxquels l’enquête interne répond.

Clarification des faits
Lorsqu’un signalement lié à une situation de harcèlement ou tension survient, l’entreprise doit comprendre la situation dans sa globalité. Elle sollicite donc un enquêteur pour recueillir des témoignages et preuves afin d’analyser et distinguer les faits avérés des ressentis. Cela permet à l’entreprise de prendre les dispositifs nécessaires en toute objectivité, garantissant la protection de chacune des parties (victimes, mis en cause).
Protection de l’entreprise
Réagir rapidement et en respectant le droit du travail permet à une entreprise de limiter son exposition aux risques juridiques, réputationnels et financiers. La manière dont est géré un signalement, et par essence une enquête interne dans une entreprise, peut avoir des impacts non négligeables.
Prévention des risques psychosociaux
Une situation de conflits ou harcèlement non traitée engendre des conséquences néfastes sur un collectif. Cela peut altérer à court, moyen et long terme la qualité de vie et les conditions de travail d’une entreprise. L’enquête interne permet de restaurer un climat social apaisé. Cela peut aussi envoyer un message aux salariés, stipulant que chaque signalement sera traité rapidement et sérieusement.
Mettre en place une enquête interne permet de réduire significativement des symptômes liés au stress, une hausse de l’absentéisme ou du désengagement.
Recommandation de mesures disciplinaires et/ou correctives
En fonction des situations, que les faits soient avérés ou non, l’enquêteur propose systématiquement des mesures adaptées. Ces préconisations peuvent être d’ordre disciplinaire (avertissements, mise à pied conservatoire, licenciement pour faute grave). Elles peuvent aussi concerner des actions de développement de compétences telles que de la formation ou du coaching.

Enjeux spécifiques liés au contexte français

La conduite d’une enquête interne dans une entreprise en France respecte un cadre réglementaire et juridique strict. Il garantit les droits de salariés, l’impartialité de la procédure et la protection des données personnelles.

Voici quelques éléments réglementaires clés :

Le Code du Travail impose à l’employeur une obligation légale de prévention des risques professionnels. Cela inclut le harcèlement moral et sexuel. Les articles L.1152-1 et suivants stipulent que l’entreprise doit agir dès la réception d’une alerte ou signalement. Si un employeur ne met pas en place une enquête interne en cas de suspicion de harcèlement, cela peut être considéré comme une faute grave.
La CNIL et la protection des données stipulent que l’enquêteur (interne ou externe) a une obligation de respecter des règles imposées. Cela concerne la confidentialité des échanges et l’utilisation des informations collectées auprès des participants à l’enquête interne.
Le respect du contradictoire lors des entretiens repose sur le fait qu’une enquête interne n’est pas une chasse aux sorcières. Un salarié mis en cause a le droit de connaître les faits reprochés, de s’exprimer librement et de présenter sa défense. Principe fondamental dans le droit français, il garantit l’équilibre de la procédure.

La protection des lanceurs d’alerte est encadrée par la loi Sapin II et renforcée par la loi Waserman. Chaque lanceur d’alerte bénéficie d’un statut protégé. L’entreprise doit donc s’assurer qu’il ne fasse pas l’objet de représailles ou de sanction.

Les situations nécessitant une enquête interne

Dès lors qu’un signalement d’un salarié est porté à la connaissance d’une entreprise, il est primordial de déclencher une enquête interne. Nous allons voir ensemble les différents cas de signalement possibles :

Le harcèlement moral ou sexuel
Ce type de déclenchement est une des causes les plus fréquentes. Lorsqu’un salarié remonte des faits susceptibles d’être qualifiés de harcèlement, l’entreprise a une obligation d’agir rapidement. Cela peut être des remarques sexistes répétées ou des pressions psychologiques subies. L’enquête interne harcèlement va permettre le recueil de témoignages, d’identifier des comportements inappropriés et de protéger les différentes victimes.
Une situation dégradée liée à une infraction au Code de Conduite
Chaque entreprise peut mettre en place un code de conduite au sein duquel des règles sont établies. Certains comportements, non conformes au règlement intérieur ou à la charte éthique, peuvent être remontés par les salariés. Dans le cas où un salarié alerte sur une situation dégradée (violences verbales ou physiques, discrimination, fraude), une enquête interne doit être mise en place.
Les alertes éthiques ou signalements de fraude
Les entreprises ayant mis des dispositifs d’alerte interne peuvent recevoir divers signalements (par exemple falsification de documents, détournements de fonds). Le service juridique peut être sollicité et choisir de mener une enquête interne avec un enquêteur dédié.
La dénonciation par un lanceur d’alerte
Il peut arriver qu’un salarié joue le rôle de lanceur d’alerte afin de signaler des pratiques considérées comme illicites. L’enquête interne peut permettre de qualifier les faits, d’évaluer les risques et d’aider la direction à décider des suites à donner.

Les différentes enquêtes internes : typologies et contextes d’usage

En fonction des entreprises, les types de signalements peuvent être différents. Il est donc nécessaire d’adapter chaque enquête interne en fonction de l’alerte reçue et au cadre juridique en vigueur. Nous vous proposons donc d’analyser les principaux types d’enquêtes qu’AXIS MUNDI observe.

Enquête pour harcèlement moral, sexuel et discrimination

Une enquête interne harcèlement fait partie des contextes les plus sensibles. En France, le droit impose à l’employeur une obligation de prévention et réaction immédiate.

Le harcèlement moral (L1152-1) et le harcèlement sexuel (L.1153-1) sont encadrés par une obligation claire : chaque signal d’alerte émis par un salarié doit être traité. Si cette obligation n’est pas respectée, la responsabilité de l’entreprise peut être engagée.

Une enquête harcèlement doit respecter des modalités spécifiques. L’enquêteur doit assurer une confidentialité absolue des échanges. L’impartialité et la neutralité doivent être des fondements stricts de l’analyse.

Il est possible de proposer l’anonymisation des témoignages, et dans le cas contraire, la levée de l’anonymat si les personnes concernées donnent leur accord.

Enquête pour fraude, détournement et malversations

Lorsqu’une fraude est constatée, une enquête interne peut être diligentée en partenariat avec les services juridiques et financiers. Ce type d’enquête entraine la mobilisation d’un comité d’enquête. Celui-ci est composé d’un enquêteur, un juriste et d’un contrôleur financier. Leur mission est d’analyser les mouvements suspects, les anomalies, écarts détectés au travers d’audits ou de signalements.

Enquête liée aux risques psychosociaux (RPS)

Dans le cas où une situation dégradée impacte le climat social (conflits interpersonnels récurrents, augmentation des arrêts maladie, alertes CSE), l’employeur peut déclencher une enquête interne afin d’analyser les risques psychosociaux.

Une enquête interne de ce type est avant tout une démarche participative. Elle peut se dérouler via des entretiens individuels ou collectifs.

Les objectifs sont multiples :

Comprendre les sources de stress
Analyser les sources de tensions
Identifier les causes de mal-être.

Dans ce type de contexte, le CSE joue un rôle central. Il peut être à l’origine de l’alerte, exiger la mise en place d’une enquête interne, assister à la restitution des résultats de l’enquête et participer à des actions correctrices.

Conduire une enquête interne : méthodes, outils et bonnes pratiques

La mise en place d’une enquête interne dans une entreprise ne s’improvise pas. Il est primordial de définir une méthodologie rigoureuse, fondé sur le respect du droit, la confidentialité et la protection des salariés.

Préparation de l’enquête

Avant tout démarrage d’une enquête interne, il est essentiel que le dispositif soit préparé en amont.

Lorsqu’un signalement est remonté par un salarié, l’entreprise doit sélectionner la méthodologie souhaitée : soit mettre en place une enquête interne portée par un acteur RH ou juriste, soit un cabinet externe spécialisé.

Après sélection, il est préconisé d’organiser une réunion de cadrage permettant de définir le périmètre et les objectifs attendus. Lorsqu’il s’agit de harcèlement, il est préconisé de faire appel à un expert externe afin de garantir la neutralité de la démarche.

Enfin, il est vivement conseillé d’informer via des canaux de communication divers les parties prenantes en expliquant l’objectif de l’enquête et le planning prévisionnel.

Collecte des preuves et témoignages

En fonction des contextes d’intervention, les éléments peuvent être recueillis via des entretiens individuels ou collectifs. L’enquêteur va utiliser une méthodologie semi-directive durant les entretiens. Cela repose sur l’écoute active, la reformulation et la neutralité. Formé à la gestion des émotions et du stress, notamment en cas de harcèlement, il est en mesure de questionner de manière respectueuse et sans pression.

Lors des entretiens, il est essentiel de limiter l’impact des biais. La grille d’analyse doit être factuelle permettant de confronter les récits de manière croisée. Chaque salarié doit être entendu équitablement.

Analyse et rédaction du rapport d’enquête

Lorsque les entretiens sont réalisés, l’enquêteur va analyser l’ensemble des données de manière objective.

Il est donc question de remonter les faits établis, identifier les points de convergence, analyser les zones d’incertitude. Il n’est pas question de juger, mais seulement d’établir un état des lieux objectifs basé sur des éléments concrets.

Une fois cette étape réalisée, en fonction des situations, l’enquêteur propose diverses recommandations.

Par exemple, s’il s’agit de harcèlement, il peut proposer des mesures disciplinaires, opérationnelles ou de montées en compétences. Le rapport d’enquête interne est un appui à la décision pour une entreprise.

Le rapport est ensuite transmis au service RH ou à la direction, un suivi peut être également mis en place afin d’évaluer l’impact des mesures mises en œuvre.

Externalisation ou réalisation interne d'une enquête

Face à une alerte d’un salarié (fraude, éthique, harcèlement, situation dégradée), l’entreprise peut choisir de faire appel à un prestataire externe ou d’internaliser l’enquête. Ce choix n’est pas anodin, car il peut avoir des répercussions sur la perception des salariés (neutralité, expertise, qualité de l’analyse, respect du Code du travail, confidentialité).

Voici les avantages et les inconvénients dans le fait d’externaliser une enquête interne :

Avantages de l'externalisation

En tant que cabinet expert enquête interne, chez AXIS MUNDI, nous pouvons observer quatre avantages à externaliser votre enquête :

L’impartialité : solliciter un cabinet externe permet d’éviter les conflits d’intérêts et offre une objectivité globale. Les salariés se sentent plus en confiance et peuvent s’exprimer plus librement.
Les compétences spécialisées proposées par un cabinet externe sont une force non négligeable. Les experts, formés généralement sur les situations dégradées ou harcèlement, vont pouvoir s’appuyer sur leur expertise. Les investigations sont nourries par des connaissances solides en matière de risques psychosociaux ou juridiques.
La sécurité en matière de conformité : un cabinet externe a pour obligation de se conformer aux règles de protection des données et au code de déontologie.
La confidentialité préservée est un axe clé lorsqu’on fait appel à un cabinet externe. Il peut disposer d’outils sécurisés et permet d’assurer une confidentialité stricte lors de ses échanges avec les salariés.

Inconvénients de l'externalisation

Cependant, l’externalisation peut ne pas être adaptée en fonction des contextes. Voici les quatre inconvénients constatés par AXIS MUNDI :

Contrainte budgétaire : les enquêtes internes peuvent générer des coûts élevés pour les entreprises.
Un sentiment de perte de contrôle puisque l’entreprise n’est plus au cœur du réacteur. Il peut être perturbant de ne pas être informé des moindres détails de l’enquête interne.
Une moindre connaissance du terrain de la part de l’enquêteur externe puisqu’il ne fait pas partie des effectifs. Il peut ne pas saisir tous les enjeux organisationnels et humains d’une structure. Il ne connaît pas les dynamiques internes, les antécédents ou codes implicites. Il peut donc parfois être confronté à des personnes récalcitrantes.
Une communication plus opaque hors enquête puisqu’un prestataire externe ne pourra pas forcément assurer le suivi de la mission en formant les managers, les équipes ou en mettant en place d’autres actions (médiation, soutien psychologique, conseil RH moyen terme).

Cadre juridique et réglementaire de l’enquête interne en France

Une entreprise souhaitant mettre en place une enquête interne doit parfaitement maîtriser le cadre juridique français applicable. L’employeur doit préserver les droits des salariés et répondre aux obligations légales.

Obligations légales et responsabilités de l’employeur

L’employeur (article L4121-1 du Code du travail) se doit d’assurer la sécurité en protégeant la physique et mentale de ses salariés. En cas d’alerte, il a donc l’obligation d’agir immédiatement, notamment en cas de harcèlement ou de situation dégradée.

Il est à noter que le Code du travail impose à l’employeur la mise en place d’une enquête interne harcèlement lorsqu’un signalement est réalisé sur le sujet. S’il s’avère que cette obligation n’est pas respectée, l’entreprise engage sa responsabilité civile, voire pénale.

Lorsqu’une enquête interne est mise en œuvre, l’enquêteur doit se conformer aux règles RGPD tant au niveau de la collecte, de l’accès que du traitement des données (conservation et suppression).

Droits des salariés lors d’une enquête interne

Si vous êtes employeur et vous souhaitez mettre en place une enquête interne dans une entreprise, voici les règles à respecter envers vos salariés :

Le droit à l’information stipule que tout salarié concerné de près ou de loin par une enquête interne doit être informé des objectifs de l’enquête, des faits qui lui sont reprochés et de ses droits.
Respecter du contradictoire, principe fondamental du droit français. Il est stipulé que chaque partie doit être en mesure de s’exprimer sur les faits le concernant dans des conditions équitables.
Le droit à la défense et à être assisté consiste dans le fait qu’un salarié mis en cause peut, s’il le souhaite, être accompagné durant l’entretien. L’entreprise n’a en aucun cas le droit de lui refuser ce droit sans motif valable.
La protection des lanceurs d’alerte protège les salariés signalant un fait répréhensible dans le cadre d’une alerte interne (cf. loi Waserman 2022).

Conséquences en cas de manquement

En cas de manquement, voici les conséquences pour une entreprise :

Dans le cas où une enquête interne n’est pas mise en place, menée aléatoirement ou sans impartialité, l’employeur peut être condamné pour violation de ses obligations légales. La justice peut décider de dommages-intérêts, de la requalification du licenciement ou d’une condamnation pour harcèlement institutionnel.
Dans le cas où un salarié se sent lésé à la suite de la mise en place d’une enquête interne, il peut saisir le Conseil de prud’hommes Il peut également déposer plainte auprès de la CNIL ou faire appel au Défenseur des droits.

Impact RH et management : gérer les suites de l’enquête interne

Il est important de noter que lorsqu’on met en place une enquête interne, des conséquences après la remise du rapport peuvent être observées. Il est donc essentiel de rétablir un climat de confiance, prévenir les risques psychosociaux et accompagner les salariés.

Conséquences sur le climat social et la QVCT

Par expérience, chez AXIS MUNDI, nous constatons qu’une enquête interne peut générer des inquiétudes et questionnements de la part des salariés. Cela se vérifie d’autant plus lorsqu’il s’agit d’une enquête harcèlement.

Voici deux axes à prendre en compte pour une entreprise :

La gestion des tensions : une enquête interne, et plus particulièrement une enquête interne harcèlement peut laisser des traces. On peut observer des dissensions dans le collectif et un malaise généralisé. L’employeur doit donc agir sur le climat social afin qu’il s’apaise et redevienne sain. En fonction des situations, il peut être pertinent de mettre en place des médiations, un coaching hiérarchique ou des groupes d’expression collectifs.
L’adaptation de la communication : tout se sait dans une entreprise, il est donc crucial de communiquer auprès de l’ensemble des salariés quant à la mise en place d’une enquête interne. Une démarche transparente sera toujours mieux perçue qu’une opacité complète.

Formation et accompagnement des managers

Dans le cadre d’une politique de prévention du harcèlement, il est essentiel de former les managers à la gestion des situations complexes. Cela leur permet d’identifier les signaux faibles et d’accompagner les salariés avant, pendant, après l’enquête interne.

Les thématiques de formation concernées peuvent être :

La sensibilisation aux risques psychosociaux

Les techniques de gestion des conflits.

Intégrer les résultats dans la politique globale de prévention

La mise en place d’une enquête interne peut se révéler être une véritable opportunité pour une entreprise. Cela permet aux équipes RH ou à la direction d’analyser les pratiques, voire de les optimiser.

Il s’agit donc d’une réelle démarche d’amélioration continue, incluant des actions correctives et préventives.

Outils et ressources pour faciliter la conduite d’une enquête interne

En tant qu’employeur, la mise en place d’une enquête interne dans une entreprise doit rimer avec efficacité, conformité et rigueur. Il est donc primordial de s’appuyer sur des outils adaptés et des experts du sujet.

Logiciels et plateformes dédiées

Il existe des outils numériques permettant d’assurer la confidentialité et la traçabilité d’une enquête interne. Il peut s’agir de plateforme d’alerte harcèlement, de solutions RH spécialisées ou d’applications sécurisées conformes aux règles RGPD.

Formations et coaching spécialisés

Une politique de prévention du harcèlement doit intégrer des actions de formation pour les RH, managers et préventeurs pouvant intervenir en contexte dégradé.

Chez AXIS MUNDI, nous proposons des formations sur le harcèlement, accessibles à distance ou en présentiel pour les RH, managers et représentants du personnel. Les collaborateurs peuvent être sensibilisés au travers de webinars. Enfin, nos experts peuvent également accompagner l’entreprise au travers d’un coaching post-enquête afin d’optimiser la cohésion et d’apaiser le climat social.

Modèles et procédures types à adopter

Une enquête interne réussie repose sur une approche structurée. Elle peut s’appuyer sur des modèles de grille d’entretien éprouvés, des guides pratiques rédigés par des cabinets comme AXIS MUNDI ou des institutions (INRS, CNIL, Défenseur des Droits). Nous recommandons également de formaliser une procédure d’enquête interne. Elle peut être intégrée au règlement intérieur.